首先，深圳市的改革违反了我国《警察法》等一系列行政基本法。按照法律，凡是符合资格条件进入公务员队伍的，都可以按照法定程序逐级晋升。可根据深圳市的做法，所有行政执法类公务员统称为执法员，他们按照深圳市的规定，划分为若干级别，并且享受不同的待遇。这种另起炉灶的做法，不仅严重地干扰了《警察法》的实施，而且更主要的是，会导致深圳市的行政执法类公务员与其他地区同类公务员之间出现严重的身份差别，这对于稳定执法人员队伍，强化执法效能极为不利。

其次，深圳市把从事专业技术领域的公务员单独列出，制定专门的办法加以管理，这和我国现行的专业技术职称评定制度背道而驰。在我国公务员队伍中存在大量的专业技术人员，他们既是行政管理人员，同时也是各个领域的专业技术专家。解决公务员队伍中专业技术人员的出路问题，一方面需要提供分流的通道选择；另一方面则是严格考核公务员中的专业技术人员，只要符合公务员晋升资格，就应该向他们敞开大门，不能因为是专业技术人员而打入另册。

第三，《公务员法》把公务员分为领导职务和非领导职务，并且把非领导职务分为综合管理类非领导职务、专业技术类非领导职务和行政执法类非领导职务。从表面上看，深圳市的改革有贯彻《公务员法》的意图，但《公务员法》的立法宗旨，在于建立传统的层级管理制度，把非领导职务公务员划分为不同的等级，他们在非领导岗位上享受不同待遇。而深圳市的方案，是把非领导职务的公务员当作公司的职业经理对待，并且按照不同的年资，确定福利待遇标准，这与《公务员法》所规定的层级序列管理制度格格不入。